肺炎病毒演变介绍 精读蝙蝠→mv1→H13→H3→H1
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关于那个台湾专家对于版纳园的论文的分析，其实基本上可以判断是只看了图，没有看文章而导致的一次翻车事件。
先上论文链接：网页链接
在这篇论文中，最为直观的是论文配图1，其中又可分为ABCD四个小图。其中A代表的是单倍型的关系，B是单倍性大类/单倍群的分布，C是可能的病毒基因组演化途径，D是可能的病毒传播途径。
这里简单讲解一下单倍型。其实你可以看作核酸序列变化的一种情况。病毒在复制过程中会发生突变，比如一个原始序列ABCDEF，经过一段时间，变成了ABcDEF，这就是产生了一个新的单倍型。不过，由于核酸一个碱基突变后，再重新突变回去的概率很低，因此大致可以视为碱基变化的情况可以被记录在序列上，由此可以判断不同突变的发生次序，进而判断序列间的关系。
举个例子：现在有几个序列：1ABCDEF、2ABcDEF、3ABCDeF、4AbcDEF、5ABCdeF、6ABcdeF序列，其实可以看出，如果确定1是祖先的话，那么它是依照1→2和3，3→5→6，2→4的样式演变的。
但是要指出一点，核酸的变化只能给出不同单倍型间的关系，但不能指出方向，因此确定祖先和方向十分重要。还是以上面的举例，如果确定3是祖先序列，则会变成3→5→6，3→1→2这样的形态。因此可见，确定根是很重要的。当然，这这是一个十分简单的例子，实际情况更为复杂，依照算法的差异可能有不同的演变方式。
那么回过头来看图1。事实上，图1A中呈现的关系，尤其是从中间宿主mv1来的演化，其实是可以分为两个主要演变过程，mv1→H13→H3→H1；或者mv1→H38→H3→H1。这是图2上部标红的论文内容。这点要指出，台湾专家一上来就说H38是祖先基因型，这个是主观臆断了（当然也可能是图上mv1到H13的线因为显示原因比较细的原因[二哈]）
作者随后进行了论证，H13是深圳的病例，1月3日发病在武汉，4日返回深圳后就诊。因为确诊地点在深圳，因此被标记为了代表广东的深绿色。但是目前的问题在于在武汉内收集到的患者病毒核酸，都不具有H13这一单倍型。因此作者认为H13是最早被感染的，但是不能确定感染源（原文表述为医院或未知的共同病原）。
H13构成了单倍群A的核心。如果确定H13是祖先，那么可见它发展出了H3单倍型。H3单倍型经历了一次扩张，发展出了群B。而H3的一支进而发展出H1单倍型，这个就是武汉大爆发的单倍型，
那么，第二种情况，即mv1→H38→H3→H1可能吗？如果这样，意味着H13是从H3演变过来的，和上面的正好相反。作者在文中提到了，不太可能（图3），作者同时还论述了，H38其实起源于H3的一支，即那个美国人同样是在武汉被感染的。而且从时间上来说，这位美国第一例病人的发病时间（1月15日）也晚于深圳患者。
从论文作者的数据、论述以及流行病学时间看，H38单倍型更倾向于起源于武汉，只不过是转移到了美国而已。
其实在图1的C中，论文作者已经清晰的展现出了根据数据推测的病毒基因组演化途径，可见，用实线标注的演化途径表明了H13→H3→H38的过程。目前并没有更坚实证据证明mv1直接成为了H38.
此外，很多人认为“因为美国5个单倍型组全了，所以美国是病毒起源”。这个其实是犯了想当然的错误。美国多出来的一个单倍群，其实是单倍群D（图1B，大地图）。这个单倍群D是怎么来的呢？图1A中表现得很清楚，是在泰国的H1（同样也是我国输出的，大约1月12 日左右）演变成一个较广泛传播的单倍型H56，H56在澳大利亚生成了单倍群D，进而进入了美国、法国和我国台湾。这就是美国多出来的那个单倍群D的来源——依然是来自我国。
结论： 1 论文作者倾向于认为病毒的演变过程是：蝙蝠→mv1→H13→H3→H1。 2 尽管H38在序列上看似接近假定的祖先，但分析认为H38更有可能来源于H3。 3 美国多出来的单倍群D来源于H1在国外的演变。
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